木材粉碎机除锈方法分为手工除锈、机械除锈和化学除锈三大类，手工除锈是用钢丝刷、刮刀、砂布或研磨膏由手工进行除锈的操作，对于铜及其合金可使用擦桐油的方法去除铜锈。机械除锈的工具有电动钢丝刷和喷砂除锈机两种方法，电动钢丝刷可由普通的手动式电动砂轮改装而成(即用圆盘状钢丝刷代替砂轮)；喷砂除锈机是利用0.2-0.5MPa的压缩空气将粒度为1一4mm的石英砂，通过喷枪的喷嘴喷射到机器的表面上，利用砂的冲击力将机器的锈层除去。
木材粉碎机金属在大气中受到氧、水分及其他有害杂质的侵蚀时，会引起变色或者生锈。木材粉碎机械除锈时，对失去光泽的初锈(微锈)和有浮锈(轻锈)的机件，应将锈斑除尽使木材粉碎机的金属呈现原有的光泽；对已经产生粉末状锈斑(中锈)的机件，要将其已经腐蚀的金属氧化物除掉，将木材粉碎机表面打磨光滑，允许有斑状或云雾状痕迹的存在；对严重的锈蚀机件(层锈)，应根据机器的实际情况决定足否需要更换，对允许使用的机件，应将机器的锈层除掉，将锈迹打磨干净保留锈坑或锈斑的存在，但要做好记录。经木材粉碎机械除锈后的机件，应用煤油或汽油将机器清洗于净，并涂以润滑油或防锈油脂，以防再锈。
